Die nach ihrer Gründung im Jahr 1960 von Professor Walter Schlesinger zunächst ehrenamtlich geleitete Forschungsstelle für geschichtliche Landeskunde Mitteldeutschlands ist dem Landesamt seit 1962 als Abteilung eingegliedert.
In einem engen Zusammenhang mit der Gründungsgeschichte des Hessischen Instituts für Landesgeschichte steht die Bearbeitung und Herausgabe des Geschichtlichen Atlas von Hessen. Seiner Vorbereitung dienten zahlreiche territorial-, verfassungs- und verwaltungsgeschichtliche Arbeiten, die in einer eigenen Schriftenreihe erschienen sind. Seit 1973 werden diese Veröffentlichungen durch eine zweite Publikationsreihe, die Untersuchungen und Materialien zur Verfassungs- und Landesgeschichte, ergänzt. In den zwanziger Jahren des vergangenen Jahrhunderts entstand das Projekt einer Flurnamensammlung für das Gebiet der damals preußischen Provinz Hessen-Nassau. Das 1951 von der „Arbeitsgemeinschaft der Historischen Kommissionen in Hessen“ gegründete Hessische Jahrbuch für Landesgeschichte wird seit 1962 zusammen mit dem Landesinstitut herausgegeben, das die Schriftleitung gemeinsam mit einem auswärtigen Wissenschaftler besorgt. In den sechziger Jahren wurde mit dem Historischen Ortslexikon des Landes Hessen ein neues Großprojekt begonnen. Von 1964 bis 2009 bildete die hessische Münzfundpflege einen besonderen Tätigkeitsbereich innerhalb des Landesinstituts.
Neben diesen Langzeitprojekten, grundsätzlichen Verpflichtungen und redaktionellen Daueraufgaben nehmen die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter eine Reihe weiterer Funktionen wahr. Dazu zählen die Betreuung der umfangreichen Bibliothek, universitäre Lehraufträge, Vortragsveranstaltungen, Beteiligung am Denkmalschutz sowie die Mitwirkung an eigenen und von außen herangetragenen Publikations- und Ausstellungsprojekten zur Pflege des kulturellen Erbes. Außerdem richtet das Landesinstitut selbst wissenschaftliche Tagungen zu Themen der Landesgeschichte aus, zuletzt mit einem Rückblick auf fünfzig Jahre Landesgeschichtsforschung in Hessen. Über die dienstliche Verpflichtung hinaus sind die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter in verschiedenen wissenschaftlichen Organisationen auf hessischer, deutscher und internationaler Ebene engagiert. Über die laufenden Vorhaben informieren die jährlichen Tätigkeitsberichte, die im Hessischen Jahrbuch für Landesgeschichte und in den Blättern für deutsche Landesgeschichte publiziert werden. Die Nachweise aller Veröffentlichungen der im Landesamt tätigen Wissenschaftler finden sich in den Bänden der ebenfalls jahrweise erscheinenden Historischen Bibliographie, hg. im Auftrag der Arbeitsgemeinschaft außeruniversitärer historischer Forschungseinrichtungen in der Bundesrepublik Deutschland e.V. von Horst Möller, in Verbindung mit Karl Otmar Frhr. von Aretin, Lothar Gall u.a.
Das Hessische Institut für Landesgeschichte hat bis zu seiner jetzigen Struktur eine längere institutionelle Entwicklung durchlaufen. Die Herausbildung einer eigenen Forschungseinrichtung zur geschichtlichen Landeskunde steht im Zusammenhang mit den wissenschaftlichen und organisatorischen Vorbereitungen für einen „Geschichtlichen Atlas von Hessen und Nassau“, dessen Betreuung der Marburger Mediävist Professor Edmund E. Stengel seit 1921 im Auftrag der „Historischen Kommission für Hessen und Waldeck“ übernahm. Die hierfür nötigen grundlegenden Untersuchungen und kartographischen Vorarbeiten entstanden in der von ihm geleiteten Abteilung des Historischen Seminars für mittelalterliche Geschichte und historische Hilfswissenschaften an der Philipps-Universität in Marburg.
Neben der Förderung durch die „Historische Kommission für Hessen und Waldeck“ erhielt das Unternehmen ab 1924 auch Sachbeihilfen von kommunalen Gebietskörperschaften und privaten Spendern. Aus der Arbeitsgemeinschaft für den geschichtlichen Atlas von Hessen und Nassau entwickelte sich die halbamtliche, seit 1926 als „Institut für geschichtliche Landeskunde in Hessen und Nassau“ bezeichnete Einrichtung, die zunächst über keine fest etatisierten Personalstellen verfügte.
Während die Anfänge des Forschungsbetriebs zunächst ganz mit den Vorarbeiten für den geplanten historischen Atlas zusammenhingen, die in einer eigenen Schriftenreihe publiziert wurden, erweiterte sich das Aufgabenfeld Ende der 1920er Jahre durch das Projekt einer Flurnamensammlung für das Gebiet der damaligen preußischen Provinz Hessen-Nassau. In mehreren, seit 1929 durchgeführten Befragungsaktionen wurde der Bestand an rezenten und historischen Flurnamen erfaßt und der landeskundlichen Forschung nutzbar gemacht.
Ein weiteres Tätigkeitsfeld öffnete sich dem Institut durch die Beteiligung an der Lehrerfortbildung. So wurde 1928 erstmals ein mehrtägiger „Landeskundlicher Lehrgang“ für Lehrkräfte an den Höheren Schulen der Provinz Hessen-Nassau durchgeführt. Im Jahr 1935 entschloß sich der Institutsleiter Professor Stengel, dem inzwischen schon recht weit fortgeschrittenen Unternehmen des „Geschichtlichen Atlasses“ ein zweites historisch-kartographisches Vorhaben an die Seite zu stellen und einen Handatlas für den Gebrauch in Schulen und für interessierte Laien erarbeiten zu lassen. Mit der Vorbereitung dieses Kartenwerks beauftragte Stengel seinen Schüler Dr. Friedrich Uhlhorn. Einen neuen Akzent in den Vorbereitungen für die Atlanten, die von siedlungs- und verfassungsgeschichtlichen Studien begleitet wurden, setzten die Mitte der 1930er Jahre begonnenen Altstraßen-, Burgen- und Siedlungsforschungen, deren Durchführung bei Stengels Schüler Dr. Willi Görich lag.
Nach wie vor verfügte die Forschungseinrichtung weder über feste Mitarbeiterstellen noch über eine gesicherte Finanzierung. Erst als der Historiker Professor Theodor Mayer 1938 die Nachfolge Stengels antrat und mit dessen Lehrstuhl auch die ehrenamtliche Leitung des landeskundlichen Instituts übernahm, regte er die Umwandlung der organisatorisch bis dahin ungesicherten Einrichtung in eine staatliche Behörde mit entsprechender Ausstattung und eigenem Etat für Mitarbeiter und Sachmittel an. Nachdem 1937 bereits ein Amt für Vor- und Frühgeschichte und ein Jahr darauf das „Landesamt für Volkskunde“ in Marburg ihre Arbeit aufgenommen hatten, sollte das bisherige landeskundliche Institut in ein „Landesamt für geschichtliche Landes- und Volksforschung“ umgewandelt werden. Dieser Vorgang verzögerte sich jedoch durch den Ausbruch des Zweiten Weltkrieges bis 1941. Das nunmehr etablierte neue Landesamt verfügte über zwei Kustodenstellen sowie einen Zeichner und eine Verwaltungskraft. Die räumliche Nähe zum Historischen Seminar wurde beibehalten, die Forschungseinrichtung befand sich gemeinsam mit dem Universitätsinstitut für mittelalterliche Geschichte in den Räumen des Marburger Kugelhauses. Auch die Leitung blieb weiterhin ehrenamtlich beim Ordinariat für mittelalterliche Geschichte, das Edmund E. Stengel 1942, nach seiner Rückkehr an die Philipps-Universität, wieder übernahm. Zu dieser Zeit wurde der Name in „Landesamt für geschichtliche Landeskunde“ geändert.
Nach Kriegsende konnte das Amt seine Arbeit als nachgeordnete Behörde des Kommunalverbandes für den Regierungsbezirk Kassel fortsetzen. Mit Auflösung des Kommunalverbandes im Jahr 1953 wurde das Landesamt dem Hessischen Minister für Erziehung und Volksbildung unterstellt und ist heute eine eigenständige Landesbehörde im Geschäftsbereich des Hessischen Ministeriums für Wissenschaft, Forschung, Kunst und Kultur.
Mit der Gründung des Landes Großhessen im September 1945 ergaben sich für die künftigen wissenschaftlichen Vorhaben des Landesamtes neue Perspektiven durch die Notwendigkeit, den Arbeitsbereich über seine bisherigen Grenzen hinaus auch auf die südhessischen Gebiete auszudehnen. Diese Entscheidung brachte allerdings erhebliche Konsequenzen für den Geschichtlichen Atlas von Hessen: Da für den südlichen Landesteil geeignete historisch-topographischen Vorarbeiten fehlten, mußten zunächst die nötigen Grundlagenforschungen angestellt werden, so dass sich das Erscheinen des Kartenwerks erheblich verzögerte.
Wenngleich sich die wissenschaftliche Tätigkeit des Landesamtes während der 1950er und 1960er Jahre unter Stengels Nachfolgern Heinrich Büttner (seit 1954) und Walter Schlesinger (seit 1964) unter besonderer Wirkung der beiden nunmehr fest beschäftigten Mitarbeiter Friedrich Uhlhorn und Willi Görich vornehmlich auf die Vorbereitung und den Druck des seit 1960 in Einzellieferungen erscheinenden Geschichtlichen Atlas von Hessen konzentrierte, wurden weitere Aufgaben übernommen. Wie bereits in den späten 1920er Jahren beteiligte sich das Institut wieder an der Lehrerfortbildung mit jährlich durchgeführten landeskundlichen Informations- und Schulungsveranstaltungen. Die 1963 übernommene Mitherausgabe des "Hessischen Jahrbuchs für Landesgeschichte" und die Betreuung der beiden Publikationsreihen der "Schriften des Hessischen Landesamtes" und der "Untersuchungen und Materialien zur Verfassungs- und Landesgeschichte" gehören seither zu den Tätigkeiten der Einrichtung.